飼育期間中に、感染予防ワクチン接種以外に抗生物質・合成抗菌剤を与えずに育てられた鶏を「特別飼育鶏」と呼びます。はぐくみ鶏は2000年から「特別飼育鶏」として飼育しています。

特別飼育のポイントは、一にも二にも鶏にとって快適な環境づくり。冬場は鶏舎内を温めますが、暖房は空気が汚れ、病気の原因となります。換気を必要としますが、今度は温度が下がってしまいます。温度と換気をバランスよく管理し、元気な特別飼育鶏を出荷するのは、実にハードルの高い作業でした。

鶏肉特有の臭みをおさえる工夫

魚粉などの動物性たんぱく質を減らし、トウモロコシやマイロ（コーリャン、ヒエに似た穀物）を主体とした植物性飼料を与えています。
また、2009年度より、佐賀県産のはぐくみ鶏の一部に、地元JA佐賀で収穫された飼料用米を5％配合しています。
休耕田などを有効に活用し飼料用米を栽培することは、日本の田んぼを守り食料自給力の向上につながる取り組みです。

脂肪の色を薄くする工夫

トウモロコシの配合率を調整して、脂肪の色が黄色くならないようコントロールしています。

丈夫で抵抗力のある鶏にする工夫

乳酸菌などの有用菌やビタミン類などを添加し、腸内のコンディションを整えています。

おいしい肉に育てる工夫

たんぱく質の配合比率を高め、成長過程で急激に皮下脂肪が増加するのを抑え、ビタミンEの添加で、うま味としまりのある肉質を引き出しています。

鶏を飼育する鶏舎では1棟に約4,000～12,000羽の鶏が入れられています（生産者によって規模が異なります）。はぐくみ鶏は活発に動くことができるように、坪当たりの飼育羽数を通常の鶏より減らしています。また、鶏は暑さに弱いので、冬に比べて夏は坪当たりの羽数を少なくしています。外部から病気が入らないよう農場や鶏舎の入口には消毒漕を設置しています。